Die dem Heiligen Bischof Nikolaus von Myra geweihte Kirche geht in ihrer Entstehung bis auf das Jahr 1204 zurück. 1315 wurde sie als eine von acht Filialen der Pfarrei Bogenhausen erwähnt. 1678 wurde nach dem Vorbild der Altöttinger Gnadenkapelle die sogenannte Lorettokapelle angebaut. Mit den Kirchen Sankt Johann Baptist am Johannisplatz und der Alten Haidhauser Kirche in der Kirchenstraße gehört Sankt Nikolai heute zu der Pfarrei Sankt Johann Baptist in Haidhausen.