Hauptbahnhof
Der größte Bahnhof ist der Hauptbahnhof, den täglich mehr als 350.000 Fahrgästen nutzen. Somit ist er - gemeinsam mit demjenigen in Frankfurt am Main - der zweitgrößte Personenbahnhof in Deutschland nach Hamburg. Tag für Tag verkehren hier 240 Fernzüge und 510 Nahverkehrszüge auf insgesamt 34 Gleisen.
Für die unterschiedlichen Richtungen sind bestimmte Gleise vorgesehen. Aus der Haupthalle fahren von Gleis 11-26 alle Fernverkehrszüge und die Nahverkehrszüge Richtung Augsburg, Ingolstadt und Landshut ab.
Im südlichen Teil, dem sogenannten "Holzkirchner Bahnhof", liegen die Gleise 5-10 für Regionalzüge in Richtung Mühldorf und Salzburg.
Der nördliche "Starnberger Flügelbahnhof" umfasst die Gleise 27-36. Von dort aus fahren die Züge der Deutschen Bahn Richtung Lindau, Kochel am See und Garmisch-Partenkirchen. Außerdem fährt der "Arriva-Länderbahn-Express" (ALEX), der früher als "Allgäu-Express" nur in Richtung Kempten fuhr, z.B. in nördlicher Richtung nach Regensburg und Hof, im Süden in Richtung Kempten, Lindau und Oberstdorf, die Bayerische Oberlandbahn (BOB) bedient die Strecke nach Tegernsee.