Über die Jahrhunderte wurde der Dom mehrfach umgestaltet. So ersetzte man beispielsweise im 15. Jahrhundert die romanische Flachdecke durch ein gotisches Gewölbe. Seine kunsthistorische Bedeutung erfährt der Freisinger Dom vor allem durch seine romanische Hallenkrypta und die von den Gebrüdern Asam im 18. Jahrhundert vorgenommene Ausgestaltung der Fresken und des Stuckwerks.