Seit dem Jahr 2000 leitet Intendant Siegfried Böhmke sein Ensemble aus rund 15 jungen und älteren Puppenspielern. Gezeigt werden Stücke mit traditionellen Marionetten, sowie Vorführungen mit Stab- und Handpuppen.

Zum Repertoire gehören Märchen, Opern sowie zeitgenössische Kinder- und Erwachsenengeschichten, die eigens für das Marionettentheater geschrieben und entwickelt wurden. So führt die "Zauberflöte für Kinder" die Kleinen an die Oper heran.

Nachmittags spielt das Theater Stücke für Kinder, abends öffnet das MüMa mit einem Programm für Erwachsene.

Die Geschichte des privat geführten Traditionstheaters reicht bis ins Jahr 1858 zurück. Schon der Begründer des Marionettentheaters Josef Leonhard Schmid (1822–1912), genannt "Papa Schmid", entwickelte mit seinem Kollegen Franz Graf von Pocci die Figur des Kaspars Larifari, die einem hohen pädagogischen Anspruch folgte: Kinder zu unterhalten und als Zuschauer ernst zu nehmen.

Im November 1900 zog das Marionettentheater in das neugebaute Haus im ehemaligen Stadtgraben, nicht weit entfernt vom Sendlinger Tor. Architekt des klassizistisch gestalteten Gebäudes, das trotz umfassender Renovierungen seinen Charme behalten hat, war der Architekt Theodor Fischer.

Der Bau galt als das erste feste Marionettentheater seiner Zeit und fasst heute 180 bis 190 Plätze je nach Aufführung. Im Jahr 2014 fanden umfassende Umbau- und Sanierungsmaßnahmen statt.