Kochel wurde nicht zufällig als Standort für das Museum erwählt. Häufig betrieb Marc hier Malstudien, im Jahr 1914 erwarb er in der Gemeinde Kochel sogar ein Haus zog in das Alpenvorland. Über 150 Werke werden aus dem Marc-Nachlass ausgestellt, dazu etliche Leihgaben aus anderen Sammlungen. Neben den Bildern gehören zur Ausstellungen insbesondere auch persönliche Gegenstände des Künstlers, Dokumente sowie Werke seine Künstlerkollegen wie Kandinsky, Münter, Jawlensky oder Klee. Die korrespondieren Werke unterstreichen den Einfluss, den Franz Marc und die übrigen Maler aus dem Kreis des Blauen Reiters auf die Entwicklung expressionistischer Malerei ausübten.

2008 wurde das Gebäude um 750 qm Ausstellungsfläche erweitert. So konnten die Werke aus der Sammlung Etta und Otto Stangl nun ebenfalls in die Ausstellung integriert werden. Dies ermöglichte eine direkte Gegenüberstellung der Werke Marcs mit den Bilder seiner Zeitgenossen, wie etwa aus dem Künstlerkreis „Brücke“. Somit kommt auch Franz Marcs Wirken auf die Nachkriegskunst zur Geltung. Durch eine jährlich wechselnde Hängung der Bilder werden in regelmäßigen Abständen neue Schwerpunkte im Werk Marcs gesetzt. An jedem Wochenende werden öffentliche Führungen durch die Ausstellung angeboten.